コンピュータの操作方法およびプログラミングに関する演習を行い，基礎的なIT利活用能力を習得することを目的とする．
　PC等の情報機器およびソフトウェアの操作方法に習熟することは学術研究活動のみならず，将来の社会活動全般に関する自らの可能性を広げる大きな力となる．このことを認識して，本演習を通して将来必ず必要とされるIT利活用能力の礎を築いてほしい．
　演習は，受講者個々の知識・能力・興味を尊重し，課題選択方式による自学自習形式に重きを置いた形態とする．コンピュータ初心者は基礎を重点に，すでにある程度知識のある受講者はより高度な課題に取り組むなどして本演習を有効に活用してほしい．

以下に掲げるIT利活用能力の基礎的部分を幅広く習得し，得意な課題分野についてはさらに応用力を養う．

・データ処理と視覚化(Excel)
・プログラミング(Cプログラミング)
・デジタル文書作成と組版(Word, LaTeX), 一部に生成AIの活用を含む

またこれらの課題演習を通して，自己所有のPC等の管理をおこなったり，コンピュータ機器の未知の用法を習得して実践するための基礎的な能力を養う．

授業回数はフィードバックを含め全15回とする．
受講者は提示された演習課題の中から適宜選択して演習を行って、課題締切期限内に提出すること．

演習課題は、以下の内容に関する必須課題
　・本学システムに関する初期設定および基本操作
　・学術的誠実性
と、下記３分野に関して出題する演習課題群からなる．
　(1) Wordによる文書作成・Excelによるデータ処理と視覚化
　(2) C言語によるプログラミング
　(3) LaTeXによる文書作成と組版
各分野について基礎的なものから発展的なものまで課題を用意するので，各人の興味と能力に合わせてなるべく幅広くかつ多くの課題に取り組むことを推奨する．

本演習では自己所有のPCによる課題作業を必須とします。演習には自己所有PCを持参すること。

演習課題の提出と採点はすべて学習支援システムLMSを介してオンラインで行う．
提出された課題のうち十分な得点を得て有効と判定されたものの数と種類によって成績評価する．提出方法・期限を厳守すること．

授業時間内だけでなく、課外でも相応の時間を課題演習に割り当てることを想定している．必ずしも授業時間に縛られずに課題を進められるよう，オンライン資料を提供するのでこれらも活用してほしい．
課題は採点後返却するので，間違いの確認などを通して復習を行うこと．

「情報AI基礎[理学部]」と併せて履修することが望ましい(特にプログラミング経験の少ない者)．
　授業にはTAも出席しているので，コンピュータの操作方法についての質問等があれば授業中に質問すること．(授業時間外の質問についてはごく簡単なものにしか対応できません.) わからないことについては一人で悩まないでTAや教員に積極的に質問すること．

情報環境機構が提供する情報セキュリティe-Learningを必ず受講し、修了テストを受けた上で、同テストのフィードバックを確認しておくこと.授業内では受講のための時間は設けないので授業時間外に受講しておくこと。同e-Learningは学生も含めた本学の全構成員に対して毎年受講が求められているものである。2回生以上で過去の年度に受講した場合でも今年度まだ受講していないのであれば必ず受講すること.

大規模言語モデルに代表される生成AIについて、その動作原理から構成法、応用展開について講義する。

生成AIモデルの原理を理解し、適切に利用できる。

1.人工知能（ＡＩ）の歴史：推論・探索、知識工学、機械学習、生成AI
2.統計的機械学習
3.ニューラルネットワーク入門
4.NNのアーキテクチャと学習
5.AIによるタスク遂行I：画像認識（1/2）
6.AIによるタスク遂行I：画像認識（2/2）
7.AIによるタスク遂行II：自然言語処理
8.Transformerと自己教師あり学習
9.大規模言語モデル
10.他の生成モデル：VAE, GAN, Diffusion
11.他の基盤モデル画像、音声など
12.Gemini演習1
13.Gemini演習2
14.ＥＬＳＩ（倫理的・法的・社会的な課題

統合型複合科目「人工知能と人間社会」の講義部分と重なりがあるため、当該科目を履修した学生は不可。

出席と参加の状況 (15%)、12回のミニレポート（60%）および授業で学んだ生成AIモデルを使って勉強で扱う実際の問題を解く最終レポート (25%)を用いて評価する。

各授業後に60分程度で内容を復習することを期待する。また、学生の理解度を確認するために、一部の授業後には実践的な演習課題も実施する。

オフィス・アワーは設けない。質問や要望はメールで受ける。

The overall aim of this class is to develop students' proficiency in using academic English while practicing the skills necessary to do well on standardized tests, with a focus on the Internet-Based Test of English as a Foreign Language (TOEFL iBT). Reading, listening, writing, and speaking activities will be balanced in an effort to develop students' overall proficiency using academic English. We will take an innovative approach to developing listening and test-taking skills by using a textbook focused on paradigms of well-being and living effectively. Importantly, the text is read aloud by the author in the unabridged audiobook (15 hours), which is also required. Every week there will be a test reviewing the homework topics focused either on vocabulary, listening, or speaking, and test formats will be similar to those found on the TOEFL iBT. Students will develop academic English skills and test-taking skills in a range of academic listening and speaking tasks. When listening, students will be guided in identifying main ideas and details, taking notes accordingly, identifying the author's point of view, and recognizing previously held beliefs. For speaking tasks, students will express and support opinions, paraphrase the speaker's ideas, and sometimes collaborate interactively.

本授業は，TOEFL iBTを中心とした英語テストの受験に必要とされる技能の育成に焦点を当てながら，学術英語運用能力を高めることを目的とする。運用能力を高めるためには，意味を重視したインプット，意味を重視したアウトプット，語彙や文法などの言語形式を重視した学習，および流暢さの向上が重要である。リーディング，リスニング，ライティング，スピーキングの四技能のバランスのとれた活動を通して，学術英語における総合的な運用能力の育成を目指す。

Students will learn to respond effectively to questions on the TOEFL iBT through reading and listening homework tasks and in-class quizzes. The main emphasis during class time will be on the speaking activities. Students will learn listening skills for basic comprehension, pragmatic understanding, and connecting information. They will learn speaking skills for planning speaking responses to the TOEFL question types, with a focus on strategies for how to analyze and answer questions quickly and in an organized manner. Although there will be less emphasis on reading and writing skills, key skills such as understanding vocabulary from contexts, making inferences from stated facts, completing organizational tables, and planning and writing a point-by-point writing response will be studied. Time will also be taken for studying the text’s mid-frequency academic vocabulary, consolidating students’ knowledge of words they learned studying the 京大英単語1110.

The course will proceed systematically through the topics in the main textbook. Every week, there will be reading, listening, and vocabulary homework. There will be frequent short tests in class.
(1) Introduction
(2) Proactivity (Reading and Listening)
(3) Proactivity (Speaking)
(4) Paradigms, Perspectives, and Mission-centered Living (R & L)
(5) Paradigms, Perspectives, and Mission-centered Living (Spkng)
(6) Urgency versus Importance (Reading and Listening)
(7) Urgency versus Importance (Speaking)
(8) Interdependence (Reading and Listening)
(9) Interdependence (Speaking)
(10) Empathic Listening (Reading and Listening)
(11) Empathic Listening (Speaking)
(12) Renewal and the Upward Spiral (Reading and Listening)
(13) Renewal and the Upward Spiral (Speaking)
(14) By Design or Default (Reading, Listening, and Speaking)
(15) Final Test

特になし

Evaluation will be based on short tests (50%), a brief presentation (10%), and the final test (40%). Attendance will be closely monitored, and students absent from 4 classes or more will not earn credit.

Students should be prepared to study for about 2 hours before every class. There will be a short test in every class to assess students’ knowledge of the assigned homework. Short test formats will vary and focus on vocabulary, speaking, and comprehension questions about a reading or listening assignment.

本科目は、英語による講義を履修するために必要となるリスニング能力の育成を目的とする。リスニング能力の育成では、語・文レベルでの聴解力を重視するボトムアップ型と、背景知識や文脈などを活用した意味理解を重視するトップダウン型の両方を組み合わせる。リスニング能力の向上により、主体的に英語での講義に参加できることを目指す。

本科目は、以下の3つを到達目標として定める。この科目が修了する時点で受講生が以下の能力を身につけることを目標とする。
(1)英語の音声的特徴（母音、子音、リズム、イントネーション、連結、脱落、同化など）を分析的に理解し、その知識をリスニングの際に利用することができる。
(2)文脈や背景知識、発話の状況を活用して、次にくる情報や内容などを予測したり、自身の理解を修正したりする方法を身につけ、その方法をリスニングの際に利用することができる。
(3) 英語の概論的講義 (10-20 分程度）を聞いて、その概要や要点を的確に把握することができる。

(授業計画と内容)
[授業方針]
「教室は、学習者が安心して間違い、その間違いから学ぶ場所」と心得ています。教室内に心地よい学びの共同体文化を創りましょう。ペアやグループ活動を積極的に行い、お互いに励まし合って英語学習を継続させましょう。

［授業のねらい］
皆さんが、他律的な英語学習者から自律的な英語ユーザーへと成長を遂げることを目指します。そのため、皆さんが授業で学んだリスニングのコツをもとにして、自分の興味ある英語をどんどん聞き・話すことを奨励し、その成果をまとめたレポートを評価します。聞く課題では、授業で紹介された動画や自分で見つけた動画の中でもっとも自分の興味をひいた動画を聞いてください。話す課題では、授業外ではAIと授業中ではクラスメートと話してください。（AIとの英会話については、下の「関連URL」を参照。）
技能習得には時間がかかりますので、毎週、自分の好きな話題でいいですから英語を聞いて話す課題を授業外に求めます。大変そうに聞こえますが、逆に言いますと、ある程度の努力を重ねないと英語は身につきません。また、皆さんが行った努力の過程は必ず適正に評価します。

[授業計画]
第2週から第12週の授業は、基本的に4つの部分で構成されます。1) 提出されたポートフォリオについてのコメント、2) 前の週の自分の英語学習についてペアで英会話、3) 英語の音声的特徴についての学習（ボトムアップ型学習）、4) 有意義な英語サイトの紹介（トップダウン型学習）。
1) でクラスメートの優れた学びから刺激を得ます。 2) ではスピーキング経験を重ねて苦手意識を取り除き自信をつけてゆきます。3) は授業の主眼で、解説・ディクテーション・発音練習などで、日本語にはない英語の音声的特徴を学びます。4) では入門的なサイトから、学術的あるいは発展的なサイトを紹介して皆さんの視野を広げます。教科書ではアメリカ英語のリスニング・発音を学びますが、世界のさまざまな種類の英語のサイトも紹介します。
第13-14週では、英語講義でのノートの取り方を学びます。
第15週は、Active Listening科目のどのクラスでも要求されている期末テストを行います。

以下のリストは、それぞれの週での主な学習の内容です。これより詳しい計画表は授業第1週に配布します。

1: 導入：授業とデジタル学習環境についての説明
2: 子音：破裂音・美音・摩擦音
3: 子音：破擦音・接近音・側面接近音
4: 母音：日本語よりもはるかに多い英語の母音
5: 同化：音と音が結合して別の音になる
6: 脱落：特定の音は頻繁に省略される
7: 弱形：機能語は通常は弱く発音される
8: 短縮形：短縮形の聞き取りは案外難しい
9: 破裂音：時に破裂音の破裂は生じない
10: 連結：単語の境界が音ではわかりにくい
11: リズム：上の現象の根源は英語のリズムにあった
12: イントネーション：音程変化は意味やニュアンスにかかわる
13: ノートテイキング： 構造的なノートの取り方
14: ノートテイキング実践：要点だけを構造的に書き残す
15: 期末試験：英語動画を視聴し、その要点を英語でまとめる
16: フィードバック：LMS上でフィードバックを示す。授業時間には希望者の研究室訪問を歓迎する

特になし

以下の (a)-(d) の4項目を評価し、それぞれの比率にしたがって評価得点とする。
(a) 毎週提出するポートフォリオ (30%)
(b) 毎週提出するAIとの英会話レポート (20%)
(c) 積極的な授業参加 (20%)
(d) 期末試験 (30%)

授業の予習は不要ですが、復習としては第1〜14週まで「成績評価の方法・観点」の (a) のポートフォリオを提出してください。また英語で話すことを習慣化するため (b) のAIとの英会話のレポートの提出もお願いします。どの課題も、皆さん自身が書いてよかったと思える形でまとめてください。この授業の究極の目的は皆さんに自律的英語ユーザーになってもらうことですので、皆さんの個性的なレポートをお待ちしています。

授業にはインターネットが使えるデバイス（ラップトップ推奨）とイアフォンをもってきてください。
個人相談は随時受け付けますから、授業の前後か、メール（yanase.yosuke.3n@kyoto-u.ac.jp）でお互いに都合のよい時間を決めましょう。

The main purpose of this course is to address the phenomenon of climate change from a variety of angles, using the IPCC 6th Assessment Reports (Summary for Policymakers) as a base for learning, reflection, and discussion.
Along the semester, we will be using the three IPCC Working Group reports:
　　WG I: The physical science basis,
　　WG II: Impacts, adaptation, and vulnerability, and
　　WG III: Mitigation of climate change.
This course encourages students to develop self-learning skills and English expression skills, through assigned self-directed group discussions and presentations.

To gain knowledge regarding the current understanding of the scientific basis of the global warming issue, and some of the perspectives for adaptation and mitigation.

1. Detailed orientation (1 week) “Preparation to understand the class”
　・Short self-introduction from each lecturer
　・Identification of each part of the class as independent and expertise area
　・Description of the class outline and objectives
　・Schedule, assignments, evaluation, textbooks/references, …

2. General introduction (1 week) “Fundamental perspectives on global changes based on the IPCC reports”
　・General Q&A session about global changes
　・Group composition
　　we expect six groups (about 5 students/group) working through each theme and re-shuffling
　　　to ensure a good balance of nationality, background, and gender within each group
　・Self-introduction of all students
3.~6. Theme 1 (4 weeks) “The physical science basis of global warming”
　・Week 1: short lecture by Zwingmann, and the commencement of group work
　・Week 2: group work (preparation of presentation)
　・Week 3 & 4: group presentations and discussions (25 min x 3 groups x 2 weeks)
　★Feedback will be given at the end of the presentation sessions (15 min)

7.~10. Theme 2 (4 weeks) “Impacts, adaptation and vulnerability”
　・Week 1: short lecture by Lahournat, and the commencement of group work
　・Week 2: group work (preparation of presentation)
　・Week 3 & 4: group presentations and discussions (25 min x 3 groups x 2 weeks)
　★Feedback will be given at the end of the presentation sessions (15 min)
　
11.~14. Theme 3 (4 weeks) “Mitigation of climate change”
　・Week 1: short lecture by Kantoush, and the commencement of group work
　・Week 2: group work (preparation of presentation)
　・Week 3 & 4: group presentations and discussions (25 min x 3 groups x 2 weeks)
　★Feedback will be given at the end of the presentation sessions (15 min)

15. Feedback (1 week) “Closing session”
　・General discussion: remarks and comments by all
　・Final remarks

特になし

Assessment for the class will base on the following four criteria:
1. Class attendance/active participation in the group work (40%),
2. Group presentations for the three Themes (40%), and
3. Individual report for one of the three Themes (20%).
Details on each criterion will be announced during the first week of class.

Students are expected to read the recommended resources for each WG report, to be able to actively participate during discussion.
To prepare for each presentation, students may need to meet with their group in between sessions, outside the class time.

■ The expected number of students is about 30, distributed across 6 groups of about 5 students each. Priority will be given to the ILAS International Education Program students (compulsory credits) and the Kyoto iUP students enrolled in the programs, with any remaining slots open to other students.
■ Students are expected to bring their own computer device (laptop, tablet, etc.).
■ Regarding office hours, use LMS to send an e-mail to request an appointment.

　近い将来、エネルギー・資源の枯渇、ごみや汚染物質の排出などが突然顕在化して、われわれの社会に大きな打撃を与えることになるかもしれない。また、地震などの自然災害や原子力災害などは、一度起これば壊滅的な被害を与える。さらに、社会コミュニティの対立や南北問題など、地域からグローバルな国際社会に至るまで多くの問題を抱えている。本講義では、これらの問題の所在を明らかにしてその本質を探るとともに、解決の糸口を探るべく、それぞれの分野の最前線で活躍している担当教員らが平易な解説で講義する。

　週ごとに取り上げられるエネルギー・環境問題を中心とした各テーマについて、それぞれ現代社会と技術の関わりを理解する。また、広範なテーマのレポート課題に取り組むことによって、現代社会と技術の関わりを幅広い視野で分析・考察する力を修得する。

第1回〜第14回 ガイダンス及び講義
第15回 フィードバック（方法は別途連絡）

【ガイダンス】
　初回講義にて、講義内容およびスケジュール等について説明する。概ね下記の内容で講義をすすめるが、＊印のついた講義が年度替わりで実施されるのに加え、全体の順序などは入れ替わる場合がある。正式な講義スケジュールはガイダンスにて連絡する。

【講義内容(順不同)】

第１部 エネルギー・環境に関する問題
・地球上での物質循環とバイオマス（河本）
　光合成から物質変換、分解・無機化に至るまでの地球上での物質循環の概略、生態系の種類による特徴などについて論述し、バイオマスのエネルギーおよびケミカル源としてのポテンシャル、地球環境に与える影響等について議論を進める。
・原子力エネルギーの現状と将来（宇根崎）
　本講では、まず原子力エネルギーの原理と特徴を述べ、それらが各国の原子力エネルギー利用戦略、政策とどのように関連するかを述べた後に、原子力エネルギーの現状と将来について概説することにより、今後のエネルギー利用における原子力エネルギーの位置づけについて解説する。
・原子力エネルギーの現状と将来（高橋）＊
　本講では、まず原子力エネルギーの原理と特徴を述べ、それらが各国の原子力エネルギー利用戦略、政策とどのように関連するかを述べた後に、原子力エネルギーの現状と将来について概説することにより、今後のエネルギー利用における原子力エネルギーの位置づけについて解説する。
・情報化・エネルギーとその課題（下田）
　近年、急速に発展する情報技術により社会構造が大きく変化してきている。講義では、このような変革がエネルギーや環境問題に与える影響や恩恵について論じ、さらに円滑な社会構造変革のためには、どのような課題があるかについて説明する。
・エネルギー利用と大気環境（亀田）
　わが国における各種エネルギー需給構造の変遷に伴う大気環境問題の推移について概観し、エネルギー利用と密接に関連した地域規模の大気環境問題である酸性ガスや粒子状物質による大気汚染の現況と地球規模の大気環境問題である気候変動（地球温暖化）のメカニズム、影響や国際的取り組みについて講述する。
・Current Situation and Challenges of the Chemical Industry (Au)
　Many things that we use in our daily life, from soap and cooking oil to medicines and smartphones, are derived from chemical products. Along with the increase in global living standards, the chemical industry is also growing exponentially. This class discusses the current situation and the sustainability challenges ahead of the chemical industry.
・The future of non-renewable resources for energy technologies（McLellan）
　Energy technologies use materials made from non-renewable resources for bulk infrastructure and functional properties. Being non-renewable, these materials are limited. This class discusses the details and interconnectedness of such resources with the energy system.
・再生可能エネルギーの現状と課題（尾形）
　講義では、再生可能エネルギーの現状について、各種の統計情報や海外諸国の導入事例を示しながら解説し、技術的、社会的課題について解説する。さらに再生可能エネルギーが社会経済システムに与える影響や可能性を学際的な視点で考えてみたい。
・バイオマスフローと資源ポテンシャル（南）
　農林水産業におけるバイオマスの生産から加工、利用、廃棄に至るまでの物質フロー（バイオマスフロー）の実態を概説し、その中でのバイオマス資源のエネルギーやケミカルス源としての利用可能ポテンシャルについて考える。
・再生可能エネルギー貯蓄と運輸への応用の技術開発（小川）
　近年、電気自動車や燃料電池自動車が普及し始めている。これらの現状、並びに将来的に実用化が見込まれる潜在的な技術を説明し、そこから今後の普及の展開について考察する。また、再生可能エネルギー由来の石油代替燃料についても説明する。

第２部 リスクに関する問題
・地震動予測のための地下構造の探査技術（上林）
　来るべき大地震による揺れの（強震動）予測を高精度で行うには、震源と地盤構造のモデル化の精度が特に重要となる。過去の地震被害へ震源と地盤構造がどのように影響したかを紹介すると共に、地盤構造のモデル化に必要な各種探査手法の特徴について述べる。
・原子力と材料（黒﨑）
　原子炉では様々な材料が使われている。量子エネルギーを生み出す核燃料や、核燃料を環境から隔離する核燃料被覆管などが、その代表的なものである。本講義では、材料の特性と応用の間の結びつきに着目し、代表的な原子力材料がそこで用いられている必然性を議論する。

第３部 社会に関する問題
・技術と豊かさ（奥村）
　人や人間社会に真に必要な技術とは何か、また我々に何が出来るか。現代技術社会に暮らす我々の大量消費型生活を「豊かさ」「地球上に生きる人」といった視点を入れて見つめ直し、そういった技術を持たない国や人々との比較において人間の価値観・普遍性、お金の概念などをエネルギー・環境問題の観点を含めて考察する。
・インターネットと社会（石井）
　インターネットは今や私たちの生活に無くてはならないものとなっている。本講義では、インターネットの発展の歴史を概観すると共に、インターネットが社会にもたらした恩恵と弊害について解説し、今後のインターネットの課題と可能性について考える。
・環境配慮行動の促進と実践（上田）＊
　あなたは普段、環境にやさしい行動ができているだろうか。大事さを理解していても実践は難しい環境配慮行動を、どのように促進すればよいか、実際の例を交えながら紹介する。
・Ethical, Security, and Bias Implications of Large Language Models in Society(Sun)*
　With recent advancements in AI, Large Language Models (LLMs) like GPT and Gemini are increasingly used in daily life. These models, trained on vast datasets, can harbor biases and pose security risks if not handled properly. In this class, we will explore the challenges posed by LLMs, showcase examples of biases, and discuss how researchers are addressing these issues for the safe utilization of LLMs in the modern society.

特になし

・各教員が提示するレポート課題及び平常点（授業参加への積極性等）により成績を評価する。（レポート点は80点満点、平常点は20点満点、合計100点満点とする）
・レポート課題は、現代社会と技術の関わりについて深い理解と考察が認められるものに高い点を与える。

予め指定の参考書を読むことを推奨する。

授業中に判らないことがあれば、積極的な質問を期待する。

This seminar is a chance to explore biochemistry in a more interactive and relaxed way. Instead of just sitting and listening, you will learn through discussions, problem-solving, and small group activities. You can take this seminar by itself, or together with other related lectures if you like - there is no strict connection.

The goal is simple: to help you really understand important biochemical ideas, practice applying them, and build confidence in using scientific English. Along the way, we will also look at extra topics that may not come up in regular lectures.

In this seminar, you can expect:

* Group discussions where we work together on biochemical problems.
* Short, ungraded quizzes and other activities for self-check.
* Case studies that connect science to real-life examples.
* Peer teaching opportunities to learn from and with your classmates.

You are always welcome to ask questions - during class, by email, or in extra meetings with me or the teaching assistants. The seminar is conducted entirely in English, giving you a chance to practice scientific communication in a supportive environment.

In short: think of this seminar as a study group for biochemistry (生化学の塾), where we focus on understanding, practice, and discussion rather than memorization.

Life science tries to understand everything about living things - from the tiniest atoms all the way up to whole organisms. In this seminar, we focus on how biomolecules (like DNA, proteins, and lipids) are built, how they work, and how they come together to keep life running in both health and disease.

By the end of this seminar, you should be able to:

* Describe the structure and role of important biomolecules such as DNA, proteins, and lipids.
* Understand and explain key biochemical reactions, including enzymes and metabolic pathways.
* Practice thinking about how common molecular biology techniques (PCR, cloning, protein analysis) are used.
* Discuss how biomolecules affect cell function and the health of the whole organism.

Course Topics
(14 classes + 1 feedback session)

1. Introduction to Biochemistry: What biochemistry is and how molecules make life possible.

2. DNA, Genes, and Genomes: How genetic information is stored and passed on.

3. DNA Replication and Gene Expression: How DNA makes copies and gives instructions for proteins.

4. Proteins: Their shapes and the many jobs they do in cells.

5. Protein Structure: How folding determines protein function.

6. DNA Isolation and Analysis: Basic lab techniques to look at DNA.

7. DNA Cloning and PCR: How scientists copy and work with DNA.

8. Protein Methods: How to study and analyze proteins in the lab.

9. Enzymes: Special proteins that speed up life’s chemical reactions.

10. Enzyme Kinetics: How to measure and understand enzyme activity.

11. Carbohydrates: Sugars as energy and as building blocks.

12. Lipids: Fats and membranes that organize and power cells.

13. Metabolism: How cells make and use energy.

14. Citric Acid Cycle and Oxidative Phosphorylation: The main energy-producing pathways.

特になし

Class Participation (60%)
Your active participation in class is very important. This includes joining discussions, working on exercises, and taking part in short in-class quizzes and activities.

Homework Logbook (40%)
Instead of a final exam, you will keep a learning logbook throughout the course. This homework is hand-written only (no AI-generated answers). Think of it as your personal record of what you learned - where you can write notes, solve problems, and even draw pictures of molecules, pathways, or bacteria.

Most of the logbook (about 70%) will be completed during class as we review and discuss topics together. The remaining part (around 30%) will be homework to finish at home. It’s fine to talk and team up with classmates for ideas, but please do not simply copy each other’s work. Your logbook will be checked and graded as part of your evaluation.

To get the most out of this seminar, students should look over the course materials and work on the problem sets before each class. Think of the homework not as a punishment, but as extra practice - a chance to make the new ideas “stick” better by writing, drawing, and thinking them through.

At the start of the course, you will receive a clear weekly schedule, along with links to handouts and online resources. These will guide you step by step so you can prepare without stress.

It may help if you already know a little chemistry or biology, but it isn’t required. You don’t need to take Introduction to Biochemistry to succeed here. With the notes, textbook chapters, handouts, and videos provided by the instructor, any motivated student can follow along and do well.

Office Hours: I am happy to talk with you anytime. Please send me an email first before coming to my office or before setting up an online meeting (Zoom, etc.). Don’t worry about the reason - whether it’s about class, the homework, or even if something just feels unclear - I’m here to help, so please don’t be shy to contact me.

This class will introduce to students one of the most abundant forms of life on earth: the Nematodes or roundworms. The most famous of these is the useful model organism called Caenorhabditis elegans. The goal of the class is to provide both a survey of how scientists use these organisms to conduct research, demonstrate the worm's great importance to biology, and provide hands-on experience with simple worm manipulation.

Students will also learn directly about some of the current biological questions that are being addressed with this versatile model organism. We will also find wild nematodes around Kyoto, make scientific observations on them and use DNA sequencing to identify their species. Whether we find a new species, or identify new isolates of known ones, this class will introduce you to a new realm of life.


線虫学入門 - 生物学を学びながら新種の線虫を見つけよう!

線虫は動物の中で最も個体数の多い生物種です。線虫は土壌や植物から簡単に見つけることができ、分子生物学における重要なモデル生物の一つでもあります。2002年には、線虫を用いた細胞死の研究に対して、2006年には、線虫におけるRNA干渉の発見に対して、それぞれノーベル賞が贈られています。線虫が持つ遺伝子のうち、６０−７０％は私たち人間にも共通しているため、ヒトにも共通する様々な生体のメカニズムを理解することを目指して、飼育や遺伝子組み換えが容易な線虫が、実験材料として分子生物学では用いられます。　

この授業では、各自、サンプルを持参して、そこから線虫を取り、それぞれの線虫のゲノムDNAの一部を増幅し、そのシーケンスを読むことによって、線虫種を同定します。

新種の線虫を発見する可能性もあり！新種の線虫の探索に加えて、分子生物学の研究において一般的に使われている野生株と変異株を用いた遺伝学実験、高解像度顕微鏡を用いた染色体構造の観察も行います。

-To understand the biology and diversity of nematodes
-To understand the uses of the nematode Caenorhabditis elegans in modern biological research
-To understand the anatomy and life cycle of C. elegans
-To learn how to create new strains containing desired mutations by designing crosses between animals
-To acquire the knowledge and experience needed to begin genetic research with C. elegans

About half the classes will occur in the classroom, and half in my laboratory, as indicated below; some changes to the following might occur depending on circumstances.

Class# Topic
1 Classroom: Intro to class, wild worm collection kits distributed
2 Classroom: Life cycle/development; assessment of wild worm collection
3 Lab: Wild worm observation I : brightfield microscopy
4 Lab: Wild worm observation II : PCR on cleaned species
5 Classroom: Wild worm observation III : BLAST, Species IDs, some informatics (MSA); then RNAi theory for next lab class
6 Lab: RNAi on C. elegans
7 Lab: RNAi on C. elegans
8 Lab: Wild worm observation IV : Chromosome counting/fluorescence microscopy; crossing mutant strains
9 Classroom : Meiosis
10 Lab: microinjection of gonads (CRISPR-Cas9 editing)
11 Classroom: Sex Determination/Sex Chromosomes
12 Lab: Live imaging of C. elegansv
13 Classroom: Nematode Parasitism
14 Classroom: Aging, End of the class, Survey for this class

15 Classroom: short presentations
16 Lab: feedback on class

This is an introductory course. There are no requirements, but a basic familiarity with biology and genetics will be beneficial.

Evaluations will be based on participation, short quizzes, and a final presentation, with contributions of 40%, 40%, and 20%, respectively, to the final grade.

Students will have to understand technical vocabulary in English. This may require studying outside of class hours.

Office hours will be 1 hour once per week, schedule to be announced on the first day of class.

This class involves some genetic experiments on nematodes.
遺伝子実験：対象(ヒト以外の動物、植物、生物等)

We are going to read scientific papers related to a topic that is important both scientifically and socially. Is it possible to predict the occurrence of large earthquakes and volcanic eruptions? What are the current scientific advances in this field? We will also learn about earthquake and volcano hazard and discuss ways to reduce the risk of associated disasters.

The course aims to show students the importance of studying about natural disasters caused by earthquakes and volcanoes, which may help finding better ways to reduce their risk. To facilitate understanding, some materials/vocabulary in Japanese will be provided during the seminar.
日本語のキーワード等もだしますので、遠慮なく参加してください。近年重要度が高まっている地震・防災学を学びながら、英語の能力も向上しましょう！

Each student is going to choose a paper and prepare a short report (few PowerPoint slides), summarizing the main ideas of the study. The paper can be chosen freely; some broad suggestions include:
- The physics of great earthquakes (e.g., the 2011 M9.0 Tohoku-oki earthquake): any clues for predicting them?
- Large volcanic eruptions and possibilities of prediction;
- Earthquake and volcano hazard;
- Earthquake simulations and laboratory experiments;
- Artificial intelligence (AI) in Geosciences.

The 1st class will give students some broad options of topics/papers. During the 2nd class we will decide the paper that each student is going to present. I will exemplify with a research presentation during the 3rd and 4th classes. Starting with the 5th class until the 14th class each student is going to present the chosen paper and get feedback for improving his report. In the examination day, each student should present briefly his updated/revised report. The feedback class (i.e., the 15th class) will inform students about their overall performance and provide some concluding remarks.

Depending on the number of students and available time, during some of the classes we will visit the underground seismic base isolation at the "Kyoto University Clock Tower", go to the nearby Hanaore Fault and visit the Disaster Prevention Research Institute (DPRI), Kyoto University (Uji campus), to discuss with specialists in the field.

For students interested in more advanced topics, including computer programming (in Python, C/C++, Matlab, Fortran or other computer languages) for Geosciences, I can provide additional materials and guidance.

特になし

Grading will be based on attendance and participation (60%) and presentation of chosen paper (40%).

The student will have to prepare the assigned paper.

- Students can meet me during office hours with prior appointment.
- Since we may go outside the campus during the class (see "Course schedule and contents"), I advice students on taking accident insurance (e.g. Personal Accident Insurance for Students Pursuing Education & Research).

Magnets are old and simultaneously new materials, which play a central role in modern society. The purpose of the seminar is to know basic of magnets and magnetic devices.

Understanding attractiveness of magnets and magnetism

Overview and history of magnetism (1 Week)
Basics of magnetic materials (3 weeks)
- Ferromagnets
- Antiferromagnets
- Ferrimagnets
Working principles of magnetic devices (4 weeks)
- Magnetoresistance
- Magnetic valves
- Magnetic memories
Fabrication process of magnetic devices (2 weeks)
- Device architecture
- Fabrication techniques
Principles of devices based on magnetic dynamics (3 weeks)
- Magnetic resonance
- Spin pumping
- Spin torques
Incoming magnetic devices (2 weeks)
- Ongoing research trends
Summary (1 week)
- Take home messages

特になし

Evaluation will be based on participation (30%), discussion (30%), and short presentations (40%).

Review of the contents is recommended.